Com o lema Educando Gerações, a Escola São José tem como filosofia de ensino a perspectiva humanista de desenvolvimento integral do aluno. Trabalha pela formação de cidadãos atuantes na construção de uma sociedade mais justa e igualitária. Procura desenvolver no aluno o conhecimento e a valorização de suas capacidades, levando-o ao descobrimento de suas potencialidades, interesses e conhecimentos. A concepção de ensino apoia-se no método tradicional moderno, em que o aluno é compreendido como o sujeito de sua aprendizagem e o professor é um facilitador do conhecimento. Confira:

Para a nossa escola, educar é proporcionar o desenvolvimento do indivíduo em sua integralidade e auxiliá-lo na constituição do próprio saber.  O que queremos é que nossos alunos se tornem pessoas críticas, criativas, autônomas, participativas e solidárias.